De Stichting Schilthuisfonds kent momenteel een jaarlijks budget van ongeveer € 70.000 om haar doelstellingen te verwezenlijken. Het overgrote deel daarvan komt beschikbaar via jaarlijkse bijdragen van de Unie van Waterschappen, de Vewin, de STOWA, Rijkswaterstaat en de provincies. Op incidentele basis zijn in de afgelopen jaren ook door de Nederlandse Waterschapsbank bijdragen aan de stichting verstrekt.
Naast het overgrote deel van de uitgaven dat bijdraagt aan de drie leerstoelen, worden ook subsidies verstrekt voor de tweede doelstelling van de stichting: de totstandkoming van dissertaties of andere boeken met een landelijke betekenis voor het waterbeheer.